Официальная дата основания краеведческого музея, согласно Постановлению главы Администрации М/О г. Саяногорска № 801 – 1 сентября 1999 г. Музей был создан с целью изучения, сохранения и популяризации исторического и культурного наследия города и окрестностей. Вначале учреждение не имело собственного здания: музей размещался в Центральном микрорайоне, затем в городском отделе культуры. В ноябре 1999 г. администрация города выделила для музея помещение, в котором ранее находился кинотеатр «Саяны». Первым директором МУ «Краеведческий музей» являлась С.В. Могилина.

Шестого ноября 2000 г. состоялось торжественное открытие музея. Посетителям была представлена первая выставка «Из века в век», основу которой составили предметы археологической коллекции, переданной музею Бейской археологической экспедицией Института истории материальной культуры РАН (г. Санкт-Петербург) под руководством М. Н. Пшеницыной.

В 2000 г. музейный фонд составлял 1428 предметов: основной фонд – 1406 ед., вспомогательный – 22 ед. В 2011г. постановлением Администрации МО г. Саяногорск № 2122 МУ «Краеведческий

музей» переименован в Муниципальное бюджетное учреждение культуры «Краеведческий музей». В период с 2001 г. по 2017 г. работой музея руководили: Е.В Ладкина, А.Б Воеводин, Л.А. Федоренко, Е.В. Маратканова, Е.А. Шишова, С.А.Кудрявцев. В 2021 году к должности приступила Лисовая А.В. В настоящее время в музее функционируют две стационарные экспозиции (Зал

древности, Зал Воинской Славы) и выставочный зал для размещения временных выставок. В 2007г. рядом с каменной стелой установлен фрагмент погребального комплекса каменной ограды кургана тагарской культуры со скульптурой «бык» (IV-III вв. до н.э.)

В 2016 г. у музея появилось структурное подразделение – Этнокультурный комплекс. На территории комплекса обустроены русская изба и хакасская юрта. Данные строения служат одновременно для размещения экспозиций и для проведения различных мероприятий малых форм. Так же комплекс располагает смотровой площадкой, этнической культовой зоной, игровой зоной.